Os programas de doutorado do CEU são programas de estudo totalmente financiados, com duração padrão de 4 anos, que concedem diplomas dos EUA e da Áustria. As vantagens do programa de doutorado do CEU são as aulas e discussões entre alunos especializados em diferentes temas, diferentes períodos e diferentes regiões geográficas, por meio das quais novas questões de pesquisa podem ser formuladas, até mesmo sobre a história nacional. A pesquisa que está sendo realizada pelo nosso atual Ph.D. os alunos e as dissertações bem-sucedidas já defendidas dão a melhor ideia do que é possível no programa de doutorado em História do CEU.